土壤有機質的轉化受各種外界環境條件的影響，由于微生物是土壤有機質分解和周轉的驅動力，因此凡是能影響微生物活動及其生理作用的因素都會影響有機物質的分解和轉化。
一、有機殘體的特性
新鮮多汁的有機物質比干枯秸稈易于分解，有機物質的細碎程度影響其與外界因素的接觸面，從而也影響其礦化速率特別重要的是有機物質組成中的碳氨比（指有機物中碳素總量和氮素總量之比）對其分解速度影響很大。氮是組成微生物體細胞的要素，而有機質中的碳則既是微生物活動的能源，又是構成體細胞的主要成分。一般來說，微生物組成自身的細胞需要吸收1份氮和5份碳，同時還需20份碳作為生命活動的能源，即微生物在生命活動過程中，需要有機質的碳氮比約為25:1。當有機殘體的碳氮比在25:1左右時，微生物活動最旺盛，分解速度也最快，如果被分解有機質的碳氮比<25:1,對微生物的活動有利，有機質分解快，分解釋放出的無機氨除被微生物吸收構成自己的身體外，還有多余的氮素存留在土壤中，可供作物吸收。如果碳氮比>25:1,微生物就缺乏氮素營養，生長發育受到限制，不僅有機質分解慢，而且有可能使微生物和植物爭奪土壤中原有的有效氮素養分，使作物處于暫時缺氮的狀態。所以有機殘體的碳氮比大小，會影響它的分解速度和土壤有效氮的供應。各種植物殘體的碳氮比不同，禾本科的根若和莖稈的碳氮比為（50～80):1,故殘體的分解較慢，土壤硝化作用受阻的時間也較長，而豆科植物的碳氮比為（20～30):1,故分解速度快，對硝化作用的阻礙很小。此外成熟殘體比嫩多汁殘體碳氮比要高。為了防止植物缺氮，并促使其迅速分解，在使用含氨量低的水稻、小麥等作物秸稈時應同時適當補施速效氮肥。
二、土壤的水分和通氣狀況
有機質的分解強度與土壤含水量有關。當土壤在風干狀態（只含吸濕水）時，微生物因缺水而活動能力降低，分解很緩慢，當土壤濕潤時，微生物活動旺盛，分解作用加強。但若水分太多，使土壤通氣性變壞又會降低分解速度。植物殘體分解的最適水勢在-0.01～-0.1MPa之間，當水勢降到一0.3 MPa以下，細菌呼吸作用迅速降低，而真菌一直到-4～-5 MPa時可能還有活性。
土壤通氣良好時，好氣性微生物活躍，這時有機質進行著好氣分解，其特點是速度快，分解較完全，礦化率高，中間產物累積少，有利于植物的吸收利用，但不利于土壤有機質的累積和保存。反之，在土壤通氣不良時，嫌氣性微生物活動旺盛，有機質分解的特點是速度慢，分解不完全，礦化率低，中間產物容易積累，還會產生甲烷和氫氣等對作物生長有毒害影響的還原性氣體，有利于有機質的積累和保存。
由上可知，土壤通氣性過盛或過差，都對土壤肥力不利。必須使土壤中好氣性分解和嫌氣生分解能夠伴隨配合進行，才能既保持適當的有機質水平，又能使作物吸收利用足夠的有效養料。故調節土壤通氣狀況，是提高土壤肥力的方法之一。
三、溫度
溫度影響到植物的生長和有機質的微生物降解。一般在0℃以下，土壤有機質的分解速率很小。在0～35℃范圍內，有機質的分解隨溫度升高而加快。溫度每升高10℃，土壤有機質的最大分解速率提高2～3倍，土壤微生物活動的最適宜溫度范圍為25～35℃，超出這個范圍，微生物活性就會明顯受到抑制。另外，土壤中有機質能否積累和消失，也要看濕度及其他條件。在高溫干燥條件下，植物生長差，有機物質產量低，而微生物在好氣條件下分解迅速，因而土壤中有機質積累少；在低溫高濕的條件下，有機質因為嫌氣分解，故一般趨于累積。當溫度更低、有機質來源少時，微生物活性低，則土壤中有機質同樣也不會積累。
四、土壤特性
氣候和植被在較大范圍內影響土壤有機質的分解和積累，而土壤質地在局部范圍內影響土壤有機質的質量分數，土壤有機質質量分數與其黏粒質量分數呈極顯著的正相關，黏質和粉砂質土壤通常比砂質土壤含有更多的有機質，腐殖質和黏粒膠體結合形成的黏粒——腐殖質復合體，可免受微生物的破壞，防止有機質遭受分解。
土壤pH也通過影響微生物的活性而影響有機質的降解。各種微生物都有最適宜生存的pH范圍，真菌適宜于酸性環境（pH3～6),大多數細菌的最適pH在中性范圍（pH 6.5～7.5),放線菌適合于微堿性條件。真菌在分解有機質過程中產生酸性很強的腐殖質酸，會使土壤酸度增高，肥力降低。細菌則能產生提高土壤肥力的腐殖質酸，同時細菌中的固氮細菌能固定空氣中的游離氮素，是提高土壤肥力的重要一環。在通氣良好的微堿性條件下，硝化細菌容易活動，因而土壤中的硝化作用旺盛。因此，在農業生產中，改良過酸過堿的土壤，對促進有機質的礦化有顯著效果。
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